MPCプロジェクトを保存する方法は複数あります。
プロジェクトを保存する標準的な方法は、 Menu > Save > Project または、 Menu > Save > Project As です。
MPCには Auto Save 機能もあり、Menu > Preferences > Project Load/Save: よりアクセスできます。

注意:この操作では、作業中に保存プログレスバーが表示され、保存が完了するまでMPCを操作することができません:
作業中に保存プログレスバーが表示されないようにするには、Menu > Preferences > Project Load/Save より、Auto Saveをdisable(無効)にする必要があります。
設定は以下のようになるはずです: